У зв'язку з переходом Росії на дворівневу систему вищої професійної освіти (2011 рік) прийом в освітні установи вищої професійної освіти проводиться окремо за програмами бакалаврату і магістратури. Університет активно включається в Болонський процес. На даний момент в ЮУрГУ здійснено перехід до прийнятої в усьому світі багаторівневій системі освіти, що включає чотирирічну підготовку бакалаврів з можливістю продовження навчання для отримання ступеня магістра.

Що дає вирішення завдань Болонської декларації студенту? Єдиний освітній простір дуже важливо для підвищення академічної мобільності студентів і викладачів. Тобто студент може вступити в ЮУрГУ, при цьому частина цікавих йому дисциплін вивчити і отримати додаткові знання в університеті Німеччини, а в магістратурі вчитися у Франції. Мобільність студентів і викладачів дозволить істотно поліпшити якість освіти і значно підвищити конкурентоспроможність випускників вузу.

Одним з плюсів участі Росії в Болонському процесі стане визнання російських дипломів в більш ніж 50 країнах, в т.ч. майже у всіх європейських, які підписали Болонську декларацію. Раніше вузи проводили набір на спеціальності (тобто здійснювали підготовку фахівців - 5 років). Тепер залишилися окремі інженерні спеціальності, але підготовка економістів, менеджерів, юристів у всіх вузах Росії здійснюється за рівнями: ЮУрГУ, активно бере участь в Болонському процесі, що дає безсумнівні переваги випускникам. Уже кілька років в університеті діє бально-рейтингова система оцінювання знань учнів. Випускники ЮУрГУ можуть отримати європейську додаток до диплому. Успішно розвивається комплексна програма із зарубіжними університетами Франції, Голландії, Німеччини, Італії, Південної Кореї, реалізуються договори про студентські обміни та стажування викладачів. Для проведення семінарів і майстер-класів запрошуються професори провідних зарубіжних вузів і фахівці-практики. Все це дозволяє студентам ЮУрГУ всіх рівнів отримати якісну сучасну освіту.

В університеті здобувають освіту не тільки російські студенти, а й молоді люди з інших держав. Причому число іноземних студентів з кожним роком зростає, що говорить не тільки про зростаючий престиж російської освіти в цілому, але і про ефективність зусиль ЮУрГУ по інтеграції в зону Болонської угоди.